Takk for at du sendte din henvendelse! En av våre teammedlemmer vil kontakte deg straks.
Takk for at du sendte din bestilling! En av våre teammedlemmer vil kontakte deg straks.
Kursplan
I. Innledning og forarbeid
1. Oversikt
- Gjør R mer vennlig, R og tilgjengelige GUIer
- Rstudio
- Relatert programvare og dokumentasjon
- R og statistikk
- Bruke R interaktivt
- En introduksjonsøkt
- Få hjelp med funksjoner og funksjoner
- R-kommandoer, store og små bokstaver osv.
- Tilbakekalling og korrigering av tidligere kommandoer
- Utføre kommandoer fra eller viderekoble utdata til en fil
- Datapermanens og fjerning av objekter
- Good programmeringspraksis: Selvstendige skript, god lesbarhet, f.eks. strukturerte skript, dokumentasjon, markdown
- installere pakker; CRAN og Biodirigent
2. Lese data
- Txt-filer (read.delim)
- CSV-filer
3. Enkle manipulasjoner; tall og vektorer + matriser
- Vektorer og oppgave
- Vektor aritmetikk
- Generer vanlige sekvenser
- Logiske vektorer
- Manglende verdier
- Karaktervektorer
- Indeksvektorer; velge og endre delsett av et datasett
- Matriser
- Array-indeksering. Underseksjoner av en matrise
- Indeksmatriser
- Array()-funksjonen + enkle operasjoner på matriser, f.eks. multiplikasjon, transposisjon
- Andre typer gjenstander
4. Lister og datarammer
- Lister
- Konstruere og endre lister
- Sammenslående lister
- Datarammer
- Lage datarammer
- Arbeid med datarammer
- Legger ved vilkårlige lister
- Administrere søkebanen
5. Datamanipulering
- Utvelgelse, delsetting av observasjoner og variabler
- Filtrering, gruppering
- Omkoding, transformasjoner
- Aggregering, kombinere datasett
- Danner partisjonerte matriser, cbind() og rbind()
- Sammenkoblingsfunksjonen, (), med matriser
- Karaktermanipulasjon, stringr-pakke
- kort intro til grep og regexpr
6. Mer om lesing av data
- XLS, XLSX filer
- readr- og readxl-pakker
- SPSS, SAS, Stata,... og andre formater data
- Eksportere data til txt, csv og andre formater
6. Gruppering, looper og betinget utførelse
- Grupperte uttrykk
- Kontrolluttalelser
- Betinget utførelse: if-setninger
- Gjentatt utførelse: for loops, gjenta og mens
- intro til påføre, lapply, sapply, tappe
7. Funksjoner
- Opprette funksjoner
- Valgfrie argumenter og standardverdier
- Varierende antall argumenter
- Omfang og dets konsekvenser
8. Enkel grafikk i R
- Opprette en graf
- Tetthet Tomter
- Punktplott
- Bar Tomter
- Linjediagrammer
- Sektordiagrammer
- Boxplots
- Spredningsplott
- Kombinere tomter
II. Statistisk analyse i R
1. Sannsynlighetsfordelinger
- R som et sett med statistiske tabeller
- Undersøke distribusjonen av et sett med data
2. Testing av hypoteser
- Tester om et populasjonsmiddel
- Likelihood Ratio Test
- En- og to-prøver
- Chi-Square Gogodhet-of-fit-test
- Kolmogorov-Smirnov Ett-utvalgsstatistikk
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- To-prøvetest
- Wilcoxon rangsumtest
- Mann-Whitney test
- Kolmogorov-Smirnov test
3. Multippel testing av hypoteser
- Type I-feil og FDR
- ROC-kurver og AUC
- Flere testprosedyrer (BH, Bonferroni osv.)
4. Lineære regresjonsmodeller
- Generiske funksjoner for å trekke ut modellinformasjon
- Oppdatering av monterte modeller
- Generaliserte lineære modeller
- Familier
- Glm()-funksjonen
- Klassifikasjon
- Logistisk regresjon
- Lineær diskrimineringsanalyse
- Uovervåket læring
- Hovedkomponentanalyse
- Klyngemetoder (k-betyr, hierarkisk clustering, k-medoider)
5. Overlevelsesanalyse (overlevelsespakke)
- Overlevelsesobjekter i r
- Kaplan-Meier estimat, log-rank test, parametrisk regresjon
- Selvtillit band
- Sensurert (intervallsensurert) dataanalyse
- Cox PH-modeller, konstante kovariater
- Cox PH-modeller, tidsavhengige kovariater
- Simulering: Modellsammenligning (Sammenligning av regresjonsmodeller)
6. Variansanalyse
- Enveis ANOVA
- Toveis klassifisering av ANOVA
- MANOVA
III. Arbeidet problemstillinger innen bioinformatikk
- Kort introduksjon til limma-pakken
- Arbeidsflyt for analyse av mikroarray
- Datanedlasting fra GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Databehandling (QC, normalisering, differensielt uttrykk)
- Vulkanplot
- Custering eksempler + varmekart
28 timer
Referanser (5)
det var informativt og nyttig
Brenton - Lotterywest
Kurs - Building Web Applications in R with Shiny
Maskinoversatt
Mange eksempler og øvelser relatert til emnet for oppliftingen.
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
Kurs - Advanced R Programming
Maskinoversatt
Dag 1 og dag 2 var virkelig rett frem for meg, og jeg nyttet den opplevelsen virkelig.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Kurs - R Fundamentals
Maskinoversatt
Tempot var akkurat riktig, og den slakte atmosfæren gjorde at kandidatene følte seg trygt med å stille spørsmål.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Kurs - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Maskinoversatt
saken ble godt fremstilt og på en strukturert måte.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
Kurs - Introduction to R with Time Series Analysis
Maskinoversatt