Kursplan

I. Innledning og forarbeid

1. Oversikt

    Gjøre R mer vennlige, R og tilgjengelige GUI-er Rstudio Relatert programvare og dokumentasjon R og statistikk Bruke R interaktivt En introduksjonsøkt Få hjelp med funksjoner og funksjoner R-kommandoer, sensitivitet for store og små bokstaver osv. Gjenkalling og korrigering av tidligere kommandoer Utføre kommandoer fra eller viderekoble utdata til en fil Datapermanens og fjerning av objekter Goav programmeringspraksis: Selvstendige skript, god lesbarhet, f.eks. strukturerte skript, dokumentasjon, installeringspakker for markdown; CRAN og Bioconductor

2. Lese data

    Txt-filer (read.delim) CSV-filer

3. Enkle manipulasjoner; tall og vektorer + matriser

    Vektorer og tilordning Vektoraritmetikk Generere regulære sekvenser Logiske vektorer Manglende verdier Tegnvektorer Indeksvektorer; velge og endre undersett av et datasett Arrays
Array-indeksering. Underseksjoner av en matrise
  • Indeksmatriser
  • Array()-funksjonen + enkle operasjoner på matriser, f.eks. multiplikasjon, transposisjon
  • Andre typer gjenstander
  • 4. Lister og datarammer
  • Lister Konstruere og endre lister Sammenslå lister

      Datarammer Lage datarammer
    Arbeid med datarammer
  • Legger ved vilkårlige lister
  • Administrere søkebanen
  • 5. Datamanipulering
  • Utvelgelse, delinnstilling av observasjoner og variabler Filtrering, gruppering Omkoding, transformasjoner Aggregering, kombinering av datasett Danner partisjonerte matriser, cbind() og rbind() Sammenkoblingsfunksjonen, (), med arrayer Tegnmanipulering, stringr-pakke kort intro til grep og regexpr
  • 6. Mer om lesing av data

      XLS, XLSX filer readr og readxl pakker SPSS, SAS, Stata,... og andre formater data Eksportere data til txt, csv og andre formater

    6. Gruppering, looper og betinget utførelse

      Grupperte uttrykk Kontrollsetninger Betinget utførelse: if-setninger Gjentatt utførelse: for løkker, gjenta og mens introduksjon til gjelder, lapply, sapply, trykk

    7. Funksjoner

      Opprette funksjoner Valgfrie argumenter og standardverdier Variabelt antall argumenter Omfang og dets konsekvenser

    8. Enkel grafikk i R

      Opprette en graf Tetthetsplott Punktplott Søylediagram Linjediagram Sektordiagram Boksplott Spredningsplott Kombinere plott

    II. Statistisk analyse i R

      1. Sannsynlighetsfordelinger

    R som et sett med statistiske tabeller Undersøker fordelingen av et sett med data

    2. Testing av hypoteser

      Tester om en populasjonsgjennomsnittlig sannsynlighetsratiotest En- og to-utvalgstester Chi-Square Gogodness-of-Fit-test Kolmogorov-Smirnov Én-prøvestatistikk Wilcoxon Signed-Rank Test To-Sample Test Wilcoxon Rank Sum Test Mann-Whitney Test Kolmogorov-Smirnov Test

    3. Multippel testing av hypoteser

      Type I-feil- og FDR ROC-kurver og AUC Multiple Testing-prosedyrer (BH, Bonferroni etc.)

    4. Lineære regresjonsmodeller

      Generiske funksjoner for å trekke ut modellinformasjon Oppdatering av tilpassede modeller Generaliserte lineære modeller Familier Glm()-funksjonen

    Klassifikasjon Logistisk regresjon

      Lineær diskrimineringsanalyse
    Uovervåket læring Hovedkomponentanalyse
  • Klyngemetoder (k-betyr, hierarkisk clustering, k-medoider)
  • 5. Overlevelsesanalyse (overlevelsespakke)
  • Overlevelsesobjekter i r Kaplan-Meier estimat, log-rank test, parametrisk regresjon Konfidensbånd Sensurert (intervallsensurert) dataanalyse Cox PH-modeller, konstante kovariater Cox PH-modeller, tidsavhengige kovariater Simulering: Modellsammenligning (Sammenligning av regresjonsmodeller)
  • 6. Variansanalyse
  • Enveis ANOVA Toveis klassifisering av ANOVA MANOVA
  • III. Arbeidet problemstillinger innen bioinformatikk

      Kort introduksjon til limma-pakken Microarray dataanalyse arbeidsflyt Datanedlasting fra GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Databehandling (QC, normalisering, differensialuttrykk) Vulkanplott Custering eksempler + varmekart
     28 timer

    Antall deltakere



    Price per participant

    Testimonials (5)

    Related Categories