Fiji: Bildebehandling for bioteknologi og toksikologi Treningskurs

Introduksjon til Fiji og ImageJ

• Oversikt over Fiji og dets anvendelser i vitenskapelig forskning
• Forståelse av ImageJs arkitektur og plugins
• Installasjon og oppsett av Fiji for optimal ytelse

Grunnleggende bildebehandlings teknikker

• Bildeinnsamling og importformater
• Justering av kontrast, lysstyrke og anvendelse av filtre
• Bildestacking og projeksjonsmetoder

Avansert bildeanalyse

• Segmenteringsteknikker: terskling og kantdeteksjon
• Objekt telling og partikkelanalyse i histologiske prøver
• Måling av areal, omkrets og andre morfologiske egenskaper

Arbeid med biologiske prøver

• Behandling av bilder av histologiske vev, blodceller og alger
• Fargeavkonvolusjon og analyse av fargete prøver
• Tidsløpende analyse og sporing av cellebevegelse

Automatisering og tilpasning

• Opprettelse og kjøring av makroer for gjentakende oppgaver
• Bruk av Fiji plugins for spesialiserte analyser
• Grunnleggende skriving med ImageJ Macro Language (IJM)

Dataadministrasjon og rapportering

• Eksport av resultater og generering av rapporter
• Annotering av bilder og forberedelse av data for publisering
• Beste praksis for gjentakelig bildeanalyse

Oppsummering og neste steg