Fiji: Bildebehandling for bioteknologi og toksikologi Treningskurs

Introduksjon til Fiji og ImageJ

• Oversikt over Fiji og dets anvendelser i vitenskapelig forskning
• Forståelse av ImageJs arkitektur og tilleggsmoduler
• Installasjon og oppsett av Fiji for optimal ytelse

Grunnleggende teknikker for bildebehandling

• Bildeopptak og importformater
• Juster kontrast, lysstyrke og påfør filtre
• Metoder for bildestakking og projeksjon

Avansert bildeanalyse

• Segmenteringsteknikker: terskling og kantdeteksjon
• Telling av objekter og partikkelanalyse i histologiske prøver
• Måling av arealer, omkretser og andre morfologiske trekk

Arbeid med biologiske prøver

• Behandle bilder av histologiske vev, blodceller og alger
• Fargedekonsolasjon og analyse av farvede vev
• Tidsstyrt analyse og sporing av celledannelse

Automatisering og tilpasning

• Opprette og kjøre makroer for gjentatte oppgaver
• Bruke Fiji-tilleggsmoduler for spesialisert analyse
• Grunnleggende skripting med ImageJ Macro Language (IJM)

Dataadministrasjon og rapportering

• Eksport av resultater og generering av rapporter
• Annotering av bilder og forberedelse av data for publisering
• Beste praksis for reproduserbar bildeanalyse