Innføring i Mikrobiell Genomikk & Metagenomikk Treningskurs

Introduksjon til mikrobiell genomikk

• Oversikt over mikrobiell genomikk og metagenomikk
• Sekvenseringsteknologier og typiske studiedesigner
• Nøkkel filformater og dataorganisering

Kvalitetskontroll og forbehandling

• Vurdering og trimning av lesekvalitet
• Fjerning av vert og skjerming for forurensning
• Normalisering av leser og overveielser for videre behandling

Taksonomiske profileringsteknikker

• Markerbasert profilering med MetaPhlAn
• K-mer og klassifiseringsteknikker med Kraken2 og Bracken
• Sammenligning av profileringutdata og visualisering

Metagenome montering og binning (oversikt)

• Monteringsteknikker og bruk av SPAdes
• Begreper om binning av contigs og vanlige verktøy (kort)
• Vurdering av monteringskvalitet og fullstendighet

Genomeannotering og MLST

• Annotering av genomer med Prokka
• Utførelse av MLST og tolkning av sekvensetyper
• Generering av rapporter for deling av resultater

SNP-kalling og fylogenetikk

• Kartbaserte SNP-kalling med Snippy
• Bygging av fylogenetiske trær med IQ-TREE
• Visualisering og tolking av trær med iTOL

Antimikrobielt resistens og funksjonell profilering

• Deteksjon av AMR-genes med AMRFinderPlus, CARD, og ResFinder
• Funksjonell profilering og sammensetninger av veier
• Rapportering av resistens og funksjonelle annoteringer

Gjenopprettelige arbeidsflyter og beste praksis

• Bruk av Conda, Docker og pipeline-maler for gjenopprettelighet
• Datamanagement, metadata-standarder og FAIR-prinsipper
• Skalering av analyser med skyressurser og notatbøker

Case studies og praktiske øvelser

• 16S/18S amplicon-analyse fra råleser til taksonomisk tabell
• Metagenomisk profilering og sammenlignende analyse over prøver
• Genome montering, annotering, SNP fylogeni og AMR-rapportering

Oppsummering og neste steg